萧树东教授1955年毕业于上海第二医科大学。毕业后在上海第二医科大学附属仁济医院工作。担任内科住院医生、主治医生。1978年晋升为内科副教授。1984年担任上海消化疾病研究所副所长。1986年被任命为上海第二医科大学内科学教授。1990年-1998年担任上海消化疾病研究所所长。1994年至今，担任中华人民共和国卫生部所属胃肠病学实验室主任。他目前是中华消化病学会主任委员。担任《中华消化杂志》、《中华胃肠病学杂志》主编，还受聘于《Scand J Gastroenterol》、《Gut》、《Gastrointestinal Endoscopy》、《Hepato-Gastroenterology》、《J Gastroenterol & Hepatol》、《Aliment Pharmacol Ther》六本国际著名胃肠病杂志任编委。 　　

萧树东教授擅长于胃肠道疾病，尤其是消化性溃疡，胃炎和胃癌的基础和临床研究。对激光激发自发荧光诊断胃癌也颇有研究。萧树东教授在医学杂志上共发表文章170余篇。