民主改革以后，人民政府将“门孜康”和“药王山”两处医药机构合并，接收了当时仅有的八十名医生和学徒，在此基础上建立了拉萨市藏医院。一九八O年九月一日，拉萨市藏医院又扩建成为西藏自治区藏医院。 　　

目前，西藏自治区藏医院有职工四百多名，建筑面积近三万平方米。下属十二个科室，有内科、妇儿科、门诊药方科、藏医外科、五官科、藏西医结合科、针灸按摩科和心电图室、化验室、图书资料室等科室。有正副主任医生九名、主治医生二十七名，医药师五十四名、医士和护士一百一十名。看病人次已从一九八O年前后的每年三万二千四百多人次，增加到二十万二千人次。门诊看病人次达到中西门诊看病人次的百分之五十左右。图书资料室存有驰名中外的藏医典籍《四部医典》木刻本和《四部医典》标准注释本《兰琉璃》等大量藏医学书籍和资料，还有医药教学彩色挂图。　　

一九七八年，藏医院设立了两个研究所，即藏医研究所和天文历算研究所。这两个研究所在抢救医药资料、整理藏医文献，进行临床研究和利用天文历算为农牧业生产服务等方面都发挥了重要作用。目前，他们正在进行医治萎缩性胃炎的研究工作。　　

特别值得一提的是：藏医院在医治高血压病、心脏病、脑溢血、瘫痪病、胃溃疡、癫症和一些慢性病等方面做出了一定的贡献。而天文历算在世界上也享有盛名，例如天文历算的工作人员，在铺有一层细砂的筹码盘上计算出来的一九八六年四月二十四日的日蚀，较南京紫金山天文台发出的预测结果，只差二分钟。　　

自治区的藏医院附属一个藏药厂，到一九八六年为止，能年产藏药十五万斤左右，品种为三百多个。“然纳桑培”（即“珍珠七十味丸”）荣获一九八O年国家优质产品银质奖。“玉宁”、“祖胎三十五味丸”和“常觉”等三种藏成药，荣获一九八O年自治区优质产品奖。如今，药厂改善了生产条件，提高了药品质量，还减轻了职工的劳动强度。

一九八五年，自治区藏医院住院部大楼建成，现有床位一百五十个，设施条件良好。 　　

为了培养藏医药人才，自治区还成立了藏医学校，西藏大学设立了藏医系，藏医学院也在积极筹措之中。