北京大学医学出版社成立于1989年8月，是中央级专业出版社，也是教育部直属的重点大学出版社。前身为北京医科大学、中国协和医科大学联合出版社，1999年3月独立建社，更名为北京医科大学出版社，2002年8月经新闻出版总署批准，更名为北京大学医学出版社。出版者前缀为ISBN-7-81071。

打造医学图书精品，服务人民健康事业。建社14年来，我社始终坚持为社会主义服务，为人民健康服务，为医学教育、科研和医疗卫生服务的办社宗旨，坚持社会效益第一的原则，共出版医学图书1400余种，发行1600余万册。以“高质量、高品位、高水平、多层次”的品牌理念，成为社会信誉度很高的大学出版社，赢得了作者、读者以及出版界业内的认可。1995年被国家教育部评为“先进高校出版社”；1995、1997、1999年连续三次被国家新闻出版署评为“全国良好出版社”；1996、1997、1998年连续三次被国家卫生部评为“杰出科技著作突出贡献出版社”。近70余种图书获部、委以上奖，其中《血管生物学》获第十一届中国图书奖，初步实现了社会效益和经济效益的最佳结合。

近年来从最初的小社发展成为初具规模和效益的中型出版社。目前，我社正在进行第二次创业，力图把我社建设成为全国重要的医药卫生类教材出版基地和重要的医学专著、译著出版基地。