清华大学学报编辑部有三种杂志：《清华大学学报（自然科学版）》，《Tsinghua Science and Technology》，《清华大学学报（哲学社会科学版）》。

《清华大学学报（自然科学版）》1915 年创刊，现为月刊，国内外公开发行。主要刊登清华大学的理工科基础理论研究与实验研究学术论文(也刊登部分优秀外稿），及时反映清华大学学术上有特色、代表学科前沿、当前国际上科学界关心的科技研究成果，推动学术交流，促进研究成果的商品化和产业化，发挥科学技术为第一生产力的作用。

《Tsinghua Science and Technology》是英文刊，1996年创刊，现为季刊。主要刊登清华大学的理科基础理论研究，学科偏重生物、物理、数学、化学、力学、材料等，另刊登优秀外稿。为扩大学术交流，赠阅给国外200多所大学图书馆，是清华大学国际学术交流的一个重要窗口。

《清华大学学报（哲学社会科学版）》是由清华大学主办的反映人文社会科学和经济管理科学研究成果的综合性学术刊物，创办于1986年，现为双月刊。主要刊登人文社会科学和经济管理领域及文、理、工、管理结合的交叉学科方面的学术研究论文和问题讨论等。

《清华大学学报（自然科学版）》被国际性文献检索机构《EI》、《CA》、《MR》、《РЖ》、《INSPEC》、《ZBL》和《科学技术文献速报》等和国内多种全国性文献检索机构收录。在国内历次全国性学术期刊评比中均获一等奖。1999年建国50年评优活动中获首届国家期刊奖。

《Tsinghua Science and Technology》被国际性文献检索机构《CA》、《MR》、《РЖ》、《INSPEC》、《ZBL》和《科学技术文献速报》收录。因目标是被SCI收录，因此未送《EI》检索机构，但在清华职称评定及学生毕业视为《EI》收录。

《清华大学学报（哲学社会科学版）》为中国人文社会科学核心期刊，1999年建国50年评优活动中被评为全国百强社科学报。