从20世纪20年代开始，由于“五四”运动的影响，西方帝国主义的不断入侵和压迫，中国民族主义运动迅速高涨。在这种情况下，作为西方文化一部分的基督教，自然地被看成是西方势力的工具之一。于是在20世纪20年代初，出现了“非基督教运动”，并且很大程度上引起了中国教会和信徒们的觉醒以及反思。

1922年有消息说，世界基督教学生同盟即将在北京召开大会。于是，上海学生决定成立非基督教学生同盟，这是“五四”运动以来中国最大的一次非宗教浪潮。不久，北京学生也宣布组成非宗教大同盟，并且迅速得到全国各地学生的响应。1924年，上海学生成立“非基督教大同盟”，号召反对基督教及其所办的一切事业。

在随后的北伐战争（1924——1926年）中，各地基督教会都受到冲击，一些传教士撤离中国，教会学校里也发生过骚乱和退学事件。不过战争结束后，人们认识到基督教实质上与帝国主义是有区别的，非基督教运动才逐渐结束。这次运动，一方面说明了当时中国爱国主义民族运动的发展；另一方面，也促使中国教会开始走向民族化。