南京教案发生在1616年，事件的发起人是南京的一位沈官员。沈官员1615年到南京任职。当时，天主教在南京建立了教堂，教务有很大的发展。1616年，这位官员向皇帝写了几封信，信中极力批判天主教的教义和教徒，认为他们对皇帝和中国的文化都很不尊重。他站在儒家的立场上，提出了种种理由，列举了一系列证据，完全否定了天主教，甚至说天主教的历法也破坏了中国人的道德秩序。

沈官员最初的两次尝试并没有成功，第三次他联合了皇帝的一位亲信和其他几位高官共同攻击天主教。一些传教士被逮捕，官方宣布了天主教的一系列罪行，传教士们被迫回到南方。他们所建立的教堂被拆毁，一些墓地也遭到破坏。这次教案持续了三年的时间，1621年沈官员被撤职，天主教又重新恢复了活动。