色拉寺在拉萨三大寺中是最后修建的一座寺院，座落在拉萨北郊的色拉乌孜山下。传说山下原长满了色拉(野玫瑰)，因而得名，全名为色拉大乘寺。

色拉寺创建于公元1419年，是宗喀巴的弟子释迦益协受宗喀巴委派，主持修建的。建寺初期，该寺有四个扎仓，即加扎仓、卓丁扎仓、堆巴扎仓、麦巴扎仓。后来，加扎仓、卓丁扎仓、堆巴扎仓合并为一个堆巴扎仓，麦巴为一个扎仓。不久，宗喀巴的弟子洛珠仁钦僧格从哲蚌寺移居色拉寺，兴建了结巴扎仓(1435年)。后来他又把堆巴和结巴合为一个扎仓，名结巴扎仓。固始汗的曾孙拉藏汗做藏王后兴建了阿巴扎仓和措钦大殿，前者是拉藏汗的颂经修法院。

色拉寺现在的主要建筑有措钦大殿，麦巴扎仓、结巴扎仓(二扎仓属显宗)、阿巴扎仓(属密宗)及三十二个康村。