萨迦派创立于11世纪末期，它的实际创始人是款·贡却杰布（1034-1102）。 这一派的始祖曾到印度学习语言，并在那里用了很长的时间学习佛教的各种知识，创立 了后来这一教派的教义核心。他回到西藏后，建立寺院，开始传授教法，收了一位优秀 的弟子，这就是贡却杰布。贡却杰布出生在一个萨迦贵族家庭，信仰佛教。他本来是一 位宁玛派的信徒，后来才改变了信仰。 1073年，贡却杰布在西藏仲曲河谷的萨迦修建了萨迦派寺。萨迦在藏语中的意思 是"白色"，而他们的教派就被称为萨迦派。由于这一派的寺庙的围墙上，一般都涂者象 征文殊、观音和金刚手菩萨的红、黑、白三种颜色的条纹，所以人们又称他们为"花教"。 到贡却杰布之后的几代领导人，都对该派的发展作出了很大贡献。他们也因此在 西藏佛教界有很高的威望，而且他们在西藏逐渐形成了一股政治势力，受到内地政府的 重视。

在元朝时（13世纪左右），该派出现了几位伟大的人物，进一步扩大了自己的 影响。其中，它的领袖八思巴还被元朝封为国师。后来他们的势力被新的派别所取代， 但在西藏仍有一定影响。