并不是所有的水下文物都有这样安宁的栖息环境。2005年6月，福建平潭“碗礁Ⅰ号”古沉船竟吸引来了广东、浙江、安徽、上海、山东等各地打捞者的洗劫，水下文物遭到了极大的破坏。柴晓明说，“按照文物考古的方针，水下文物保护的理想状态是原址保护，但人类的贪婪行为是无法阻止的，目前我们所进行的发掘都是抢救性发掘，因为他们都面临被盗的危险。”
今年的3月，国家文物局在北京组织召开了全国性的水下文化遗产保护工作会议。除了文物系统，外交部、科学技术部、公安部、财政部、交通运输部、国家海洋局、总参作战部、海军作战局、中国海监总队、中国气象局等相关部门代表全数参加了会议。这样的规模再一次说明了水下文物保护并不是文物系统一家的事情。
南宋瓷器
“制约水下文物发展的因素非常多，出水文物的保护就是全世界的难题。水下考古只是完成了整个文物保护工作的1/3，后期的保护工作更艰巨。”广东省文物考古所的建筑学博士曹劲说，“南海Ι号”古沉船所采用的整体打捞，是我国乃至世界水下考古的一次创举。为其量身定做的广东海上丝绸之路博物馆，也是目前世界上首例将古沉船水下考古发掘过程向观众展示的动态专题博物馆。然而，对于“南海Ι号”沉船的相关研究一直进展缓慢。从2006年起，广东省就联合中山大学、中科院海洋所等科研单位就“南海Ι号”古沉船所处海水环境、泥样等进行分析，并不断对古沉船所需的温度与光照条件进行实验，但所有的研究要到“十二五”期间才能完成。
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